1994年，稅務總局推行金稅一期，包括增值稅交叉稽核和增值稅防偽稅控兩個子系統(tǒng)，在全國50個試點上線，通過人工采集納稅人的發(fā)票信息，再由計算機對比發(fā)現問題。但由于手工采集數據錯誤率太高，金稅一期慘遭停用。
2001年，吸取一期教訓，金稅二期實現了發(fā)票數據的自動采集，與此用時增加稅種，把海關增值稅完稅憑證納入管理，并將上述功能推廣至全國使用。
在經歷了金稅一期、二期（地稅未完全覆蓋）后，2013年，“金三”終于來了！經過在廣東、惠城區(qū)、惠城、惠東縣、斗門、東莞市6個省（市）級國地稅局試點后，終于在2021年完成全部推廣工作后開始實施。
2021年5月1日，金稅三期系統(tǒng)再次升級，并整合了以下信息：營改增 國地稅收數據整合、五證合一，標準化外部數據接口、銀行賬戶分類及支付結算管理、個人財產數據整合、境外收入情報交換等。
2021年8月，升級后的金稅三期系統(tǒng)升級為“自然人稅收管理系統(tǒng)扣繳客戶端”，功能更強大，稅務處理不到位。一旦被查處，處罰和賠付會特別嚴厲，違法亂紀、失信者會被納入國家信用平臺，到時候真的會寸步難行。
金稅三期查什么？隨著金稅三期的監(jiān)管力度進一步完善，國地稅合并后，企業(yè)想要偷逃稅更是難上加難，那么金稅三期到底查什么？查個稅與社保施行五證合一后，稅務、工商、社保隨時合并接口，企業(yè)人員、收入等相關信息互聯，虛報工資已經沒余地了，個人所得稅和社保千萬別計算著少交。
查庫存賬實是否一致開票軟件已經增加了商品編碼，若再加上單位編碼，大數據的快速和準確度你難以想象，它會比你自己更了解你的庫存狀況，一旦有業(yè)務發(fā)生，庫存狀況盡收它的“法眼”。
查虛開發(fā)票金三利用強大的大數據，納稅人的稅號下，進項發(fā)票與銷項發(fā)票的行業(yè)相關性、同一法人相關性、同一地址相關性、數量相關性、比率相關性通通在它的“掌控“之中，虛開發(fā)票查驗指數100%喲~
查企業(yè)所得稅大數據對企業(yè)業(yè)務狀況了如指掌，不僅知道您發(fā)生了多少固定資產發(fā)票：買過幾套辦公室，搬過幾次地點，換過幾輛車;多少費用發(fā)票：多少是加油的、多少是辦公的、多少是差旅的，多少是請客的......
通過同行業(yè)比對，就能知道您的企業(yè)應該產生多少利潤，企業(yè)所得稅變得透明，還敢逃嗎？
查增值稅商品品類由商品編碼控制、商品數量由單位編碼控制，單價、金額本身就是數字，大數據計算你的商品增值額，庫存存量額(增值稅發(fā)票的留抵)，增值稅還敢逃嗎？
金稅三期帶來的變化
推動了國家電子政務建設促進政府部門間信息共廣州市海珠區(qū)公司注冊享和協作，還提高國家宏觀經濟管理能力和決策水平提供全方位支持，從而對社會的經濟建設和社會發(fā)展產生積極而重要的作用。有利于加強內部管理金稅三期上線后，應用網絡發(fā)票系統(tǒng)可以杜絕虛開、代開、開具“大頭小尾”發(fā)票的違法行為，幫助企業(yè)規(guī)避不法分子利用假票騙稅所帶來的財務風險，保護企業(yè)的合法經濟利益。金三增加了納稅評估系統(tǒng)，對誠信納稅有更高要求系統(tǒng)會定期或不定期對納稅人的納稅情況進行分析，一方面對因客觀原因造成的少繳或補繳稅款給予及時提醒，另一方面對故意少繳或者不繳稅款的事實進行處罰，并納入納稅人的誠信系統(tǒng)。有效的統(tǒng)一國、地稅核心征管應用系統(tǒng)版本實現業(yè)務操作和執(zhí)法標準統(tǒng)一規(guī)范，促進稅務部門管理職能變革；實現全國數據大集中，利用及時全面準確的數據信息，提高決策的科學化水平和稅收征管水平，有效降低稅收成本。稅收環(huán)境更加公平，更加公開透明稅收分析比對更加高效便捷，將進一步促進稅務機關規(guī)范稅收執(zhí)法和管理行為，最大限度地減少“人情稅”、“關系稅”，減少稅收執(zhí)法的隨意性，這樣就為納稅人創(chuàng)造一個更加公平的稅收環(huán)境。金稅三期系統(tǒng)工程有效的優(yōu)化了納稅服務通過信息網絡為納稅人提供優(yōu)質、便捷、全方位的稅收服務；逐步實現納稅人可以足不出戶輕松辦稅，從而大大減輕納稅人辦稅負擔。金稅三期下企業(yè)如何防范稅務風險建立完善的內控管理制度在提高稅務監(jiān)督水平的處理過程中，一套完善的內控監(jiān)督管理制度可以幫助企業(yè)規(guī)避稅務風險，提高整體效率。
首先，根據商管企業(yè)的經營業(yè)務制定出合適的內控制度，使員工在進行稅務審核監(jiān)督時有法可依，有章可循。其次，優(yōu)化內控監(jiān)督管理流程，提升商管企業(yè)的稅務監(jiān)督水平與效率。
最后，企業(yè)需要設置內控監(jiān)督管理部門，內控部門的工作由管理層統(tǒng)一領導，形成的稅務監(jiān)督報告直接提交至管理層，并且其監(jiān)督工作需要與稅務部門的工作相互獨立，避免部門工作串通，降低監(jiān)督效率的情況發(fā)生；
加強稅務人員的相關培訓，提高綜合處理水平由于金稅三期要求商管企業(yè)在納稅申報以及繳納的過程中必須通過信息集成平臺，因此，對稅務人員的計算機處理技術提出了較高的要求。但是，傳統(tǒng)的稅務人員一般通過紙質化進行稅務操作，因此，需要加強稅務人員的綜合處理水平；
聘請專業(yè)稅務顧問商管企業(yè)稅務業(yè)務處理水平隨著國家經濟體制的不斷改革、經濟結構的不斷完善，一系列的稅務政策陸續(xù)出臺，商管企業(yè)進行稅務處理的難度加大。
因此，為了提高企業(yè)稅務人員的工作效率，減少稅務操作錯誤的情況出現，需要聘請專業(yè)的稅務顧問，對商管企業(yè)經營業(yè)務中的稅務政策進行講解，對企業(yè)的稅務工作進行指導，設計合理的稅務風險應對方案，幫助商管企業(yè)規(guī)避風險，在合理合法的情況下幫助商管企業(yè)實現最大程度的盈利，促進商管企業(yè)的發(fā)展。